精心设计的随机对照临床试验一直是评价新的疾病干预措施（包括药物、手术方式、诊断方法等）效果的金标准。为了尽快获得治疗埃博拉病毒感染的有效药物，来自美国食品药品管理局药物评价与研究中心的三位专家Edward Cox博士、Robert Temple博士和Luciana Borio博士制定了一个随机对照临床试验方案。
在12月3日《英格兰医学杂志》的一篇文章里，他们就试验设计方案发表了他们的观点。他们认为“确定治疗方法的有效和安全是最要紧的，而精心设计的临床试验是达到这个目标最快且最可信的途径”。在他们的方案中，患者被随机分配到试验组（给予最好的支持性治疗和研究用药）和对照组（只给予最好的支持性治疗和安慰剂）。按照计划，一旦有新的试验药物出现，来自国际卫生组织、FDA、美国国防部的科学家与美国治疗埃博拉病毒感染的医生将共同开展临床试验。此外，如果有2个或更多的试验药物同时被研制出来，还可以通过共享一个对照组进行多个研究药物的临床试验。
然而，一些伦理学专家却认为在目前病毒流行的情况下，应该首先让更多的患者获得试验药物，因此认为设立安慰剂对照组有违伦理规范。他们认为完全可以将治疗后病人的死亡率和过去没用这些药物时患者的死亡率进行比较。
科学和伦理的争议就这样开始了。
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[支持方] 历史数据可能误导研究结果
; z1 N9 ]# Z# \ 他们认为历史数据作为对照可能导致无效的药物被错误地认为有效，或有中等疗效的药物被认为疗效微小。比如，如果当前纳入研究的病人获得了更好的支持性治疗，他们的死亡率本身就可能降低，以前的死亡率可能就没有参考价值。相比之下，在随机试验中，所有的病人都能得到相似的支持性治疗，这样新增加的药物的治疗效果就能得到客观的评价。
对于反方认为随机临床试验非常“缓慢”，他们反驳道，对于抗埃博拉病毒的新药研究，试验会采取特殊的方案，比如减少II期临床研究的患者，甚至暂免II期临床研究来加速审评。而且在随机试验的过程中会实时总结疗效和及时调整方案（例如，采用序贯法），一旦疗效显著将提前终止试验，以减少证明疗效所需要的时间。此外，他们认为，所有研究中的病人都有平等接受有限供应的研究药物的机会，因此是符合伦理的。
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[反对方] 设立对照组不符合伦理
1 R7 ]& `9 j. |7 r7 r 反方认为可以用历史对照，也就是在感染者中广泛地使用能够提供的研究药物，然后将使用研究药物后病人的死亡率和过去没用此类治疗药物时埃博拉病毒感染病人的死亡率进行对比。
美国纽黑文大学医学伦理学家Johnson McGee博士认为，考虑到埃博拉病毒在西非持续流行的现实，我们现在不应该追求临床研究的金标准。我们现在的情况是没有有效的药物。鉴于这些研究药物数量的有限性，我们需要的是基于历史对照或简单地收集一些正在接受治疗的患者的数据。我认为这样做是当前状况下最好的选择，而且这也是我们应该做的。
纽约大学的医学伦理学专家Arthur Caplan博士也支持这个观点，他认为FDA的做法不够灵活。在正常情况下，随机试验是重要的，如对于牛皮癣或痛风药物的评估。但埃博拉病毒的问题不一样，已经很多人死亡了。他同时提供了一个方法，即组群随机（Cluster randomized trials），就是在一些村庄采用一种药物，另外一些村庄采用不同的药物，另一些村庄采用疫苗。通过村庄之间比较，能够找出这三个治疗方案中哪一个是最好。村里每个人会得到一种新的治疗方法，没有必要安慰剂对照组。
正方认为对照试验的反对者想要让所有病人获得研究药物是可以理解的，但是他们有强大的理由怀疑这些“历史对照”在评估试验药物有效性上的缺陷。
采用历史对照，关键的问题是要判断所采用的历史对照患者是否和目前的实验患者在各方面具有可比性。如果两组患者的支持治疗情况不同，观察结果的差异可能与治疗药物无关，而是反映了两个不时期的不同支持治疗的差异。而且在以往暴发的埃博拉病毒疫情中，患者的死亡率大概在50%到80%之间。如此大的死亡率范围，如果研究者不知道在目前的支持性治疗下患者的死亡率，采用历史对照将无法得出新药是否有效的结论。
而且感染病人的数量远远超过可供应的试验药物的量。当只有有限的供应时，大多数患者不能得到特定的抗病毒疗法。因此不存在剥夺患者治疗机会的说法。即使试验药物供应充足，随机对照试验将会比其他试验方法更快地得出有效性的明确答案。
争论无疑仍将继续。美国《生物伦理学杂志》将发表这些观点。
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